Ailesi ile sorunlar yaşayan bir çocuğun, hastalanması ile mikroplar çocuğun vücudunda
bir Mikrobistan krallığını kurmuşlardır. Kral Mikrobüs’ün amacı mikropları bütün
vücuda yaymaktır. Askerus, Mikrobistan krallığının koruyucusdur. En yakın arkadaşı
Mikrocuk’un ülkeden kovulmasından sonra içinde bulunduğu krallığı sorgulamaya
başlar. Mikrocuk’un sürgüne gönderilmesinin ardından, çocuğun vücuduna temizliğe
gelen Köpücük, Askerus ile karşılaşır. Köpücüğün yardımıyla arkadaşını
kurtarabileceğini düşünen Askerus, Kral Mikrobüs’ün ‘’onu vücuttan dışarı gönder’’
emrine uymaz ve Köpücük’ü vücuttan atmaz. Askerus Köpücük ile iş birliği yapar.
Ancak çocuğun hastalanmasının artmasından dolayı yorgun düşen Köpücük, seyircilerin
yardımlarıyla Mikrocuk’u getirmeye gider.
Zamanla düşünmeye ve sorgulamaya başlayan Askerus, artık Mikrobüs’ün kötü bir
mikrop olduğunu anlar ve artık kendi kararlarını vermek istediğini düşünür. Mikrocuk ile
gelen Köpücük’de Askerus’u kötü Mikrobistan krallığından kurtarır. Ebeveynleri ile
sorununu çözen çocuk da Mikrobistan krallığının sonunu getirir. Krallık yıkılırken
Köpücük, Mikrocuk ve Askerus Mikrobistan krallığını terk eder. Çocuğun vücudunda iyi
mikrop olarak yaşamaya başlarlar.